Molėtų savivaldybės vėliavos projektą sukūrė dailininkas R.Miknevičius.

Vėliavos centre - Molėtų herbas, jo spalvos - kaip patvirtinto originalo. Vėliavos fonas mėlynas (ultramarinas). Banguotos linijos, žvaigždės ir vėliavos kutai - balti. Tarp mėlyno fono ir kutų - oranžinė juostelė. 1994 m. birželio 15 d. Molėtų rajono savivaldybės taryba projektui pritarė. Pagal jį pasiūta Molėtų savivaldybės vėliava stovi savivaldybės salėje, taip pat naudojama iškilmingomis progomis atstovaujant Molėtų rajonui. Ši vėliava kol kas nėra aprobuota Lietuvos heraldikos komisijoje.